Raras reações adversas têm sido referidas às aplicações tópicas e nas indicações recomendadas de cauterex. Em concentrações muito elevadas, as reações indesejáveis têm sido mínimas, tais como: ardor, hiperemia local e/ou prurido, que geralmente não requerem descontinuação do tratamento. A ototoxicidade e nefrotoxicidade estão associadas a altas concentrações sistêmicas plasmáticas de gentamicina.