A cefalexina é geralmente bem tolerada. Efeitos adversos habitualmente descritos incluem náuseas, vômitos, cólicas abdominais, diarréia e erupção cutânea. Reações de hipersensibilidade, como anafilaxia, eritema polimorfo ou síndrome de Stevens-Johnson, são raras. Hipoprotrombinemia e anemia hemolítica foram relatadas raramente. Têm-se observado também dispepsia e dor abdmoninal, como acontece com algumas penicilinas ou cefalosporinas. Têm-se relatado, raramente, hepatite transitória e icterícia colestática. Relatou-se colite pseudomembranosa com o uso de antibióticos de amplo espectro; é importante, pois, considerar este diagnóstico em pacientes que desenvolvem diarréia intensa durante ou após o uso de antibióticos. Outras reações incluem prurido anal e genital, monilíase genital, vaginite e corrimento vaginal, tontura, fadiga e dor de cabeça, agitação, confusão, alucinações, artralgia, artrite e doenças articulares. Têm-se relatado, raramente, nefrite intersticial reversível, eosinofilia, neutropenia, trombocitopenia; têm-se referido elevações moderadas da alanino aminotransferase (ALT).