Azitromicina é bem tolerada, sendo baixa a incidência de reações adversas de natureza leve e moderada. Somente 0,7% dos pacientes descontinuaram o tratamento por causa de reações adversas. As reações adversas ocasionalmente observadas foram: diarréia, fezes amolecidas, desconforto abdominal (dor/cólica), náuseas, vômito e flatulência. Elevações reversíveis das transaminases séricas foram observadas ocasionalmente. Podem ocorrer reações alérgicas incluindo rash, fotosensibilidade, angioedema e anafilaxia. Reações alérgicas graves (angioedema e anafilaxia) ocorrem raramente, com frequencia similar às registradas com penicilinas e outros antibióticos macrolídeos.