COBACTIN é contra-indicado em casos de glaucoma de ângulo fechado, na retenção urinária, na hiperplasia prostática, na obstrução piloro-duodenal e em pacientes com história de hipersensibilidade aos componentes da fórmula. Certos efeitos dos anti-histamínicos sugerem cautela na administração do produto em pacientes com epilepsia e distúrbios cardiovasculares severos. COBACTIN não deve ser administrado a bebês prematuros e a recém-nascidos; não é aconselhável sua administração a menores de 2 anos de idade.