A famotidina é em geral bem tolerada. Os efeitos adversos relatados mais frequentemente foram: cefaléia, tontura, constipação e diarréia. Outros efeitos adversos descritos cuja relação com o tratamento é incerta: geral: febre, fadiga, astenia; cardiovascular: arritmia, bloqueio av, palpitação; gastrointestinal: icterícia colestática, anormalidade nas enzimas hepáticas, náusea, vômito, distensão abdominal, anorexia, boca seca; hematológico: raros casos de agranulocitose, pancitopenia, leucopenia, trombocitopenia; hipersensibilidade: anafilaxia, angioedema, edema facial ou orbital, urticária, rash; músculo-esquelético: dor músculo-esquelética, artralgia; sistema nervoso / psiquiátrico: alucinação, confusão, agitação, depressão, ansiedade, diminuição da libido, parestesia, insônia, sonolência; respiratório: broncoespasmo; pele: alopécia, acne, prurido, pele seca, rubor; sentidos especiais: tinnitus, paladar alterado.