FEXODANE é um fármaco bem tolerado, apresentando baixa incidência de efeitos colaterais. Geralmente, os efeitos adversos são leves e transitórios não causando a suspensão da terapia. Pode ocorrer cefaléia, sonolência, insônia, vertigem, náusea, nervosismo. Foram relatados raros casos de eritema cutâneo, urticária, prurido, angioedema, dispnéia, rigidez toráxica, rubor e anafilaxia sistêmica.