Uma vez que seu princípio ativo é um levedo (Saccharomyces boulardii - 17), Floratil® não deve ser administrado juntamente com agentes fungistáticos e fungicidas, como os poliênicos e os derivados do imidazol, que poderiam inativar o produto, reduzindo ou anulando seu efeito terapêutico. No caso de pacientes sob tratamento com antibióticos ou quimioterápicos, ingerir Floratil® um pouco antes desses agentes. Não utilizar o produto junto com bebidas alcoólicas.