A flunarizina pode potencializar os efeitos do álcool e dos depressores do SNC, especialmente no início do tratamento. A carbamazepina, a fenitoína e o valproato podem aumentar o metabolismo da flunarizina; um aumento na dosagem pode ser necessário. Em pacientes medicados com flunarizina e carbamazepina, foi observado um aumento dos níveis séricos de carbamazepina e possível toxicidade. O uso concomitante com amiodarona pode causar bloqueio atrioventricular. O uso concomitante de flunarizina e betabloqueadores pode causar hipotensão, bradicardia e alterações condutivas atrioventriculares. Pacientes recebendo anticoagulantes orais concomitantemente podem ter maior risco de hemorragias gastrintestinais.