As reações adversas da heparina são raras e incluem alopecia, ruborização e reações alérgicas. A osteoporose tem sido observadas após uso a longo prazo. A trombocitopenia vem sendo descrita com maior freqüência e tem talvez uma base imunológica, ACTPARIN deve ser suspensa se isso ocorre. Mais recentemente vem sendo relatada a ocorrência de trombose arterial (periférica, cerebral e miocárdica) durante a terapêutica heparínica; alguns desses pacientes apresentavam trombocitopenia.