A eritromicina é contraindicada em pacientes com conhecida hipersensibilidade a este antibiótico. É também contraindicada em pacientes que estejam tomando cisaprida (ver interações medicamentosas). O uso de eritromicina envolve um risco de hepatotoxicidade (hepatite colestática) com ou sem o aparecimento de icterícia, quando em uso por mais de 10 dias, que o contraindica em pacientes com perturbação da função hepática.