MEGUANIN é um fármaco bem tolerado, apresentando baixa incidência de efeitos colaterais. Geralmente, os efeitos adversos são leves e transitórios não causando a suspensão da terapia. Os efeitos adversos freqüentemente observados são náusea, vômito, dor abdominal, flatulência, diarréia, anorexia, diminuição do peso corpóreo, paladar metálico. Estes sintomas podem ser minimizados iniciando-se o tratamento com uma baixa dose de metformina, administrada durante as refeições, e aumento gradual da dose diária. Foram relatados casos de diminuição do nível plasmático de vitamina B12 e ácido fólico durante a terapia prolongada com metformina. Raros casos de acidose láctica forma associados com o uso de metformina, porém, a quase totalidade dos relatos envolviam pacientes com contra-indicações ao tratamento ou com ingestão de doses elevadas do fármaco.