O nitrato de econazol inibe a biossíntese do ergosterol e de outros esteróis, lesando a membrana celular fúngica, provocando alterações na permeabilidade seletiva da membrana celular, resultando, assim, na perda de substâncias intracelulares essenciais ao fungo. Também inibe a biossíntese dos triglicerídeos e fosfolipídeos fúngicos, inibe as atividades enzimáticas oxidativas e peroxidativas, resultando, assim, no aumento de concentrações tóxicas de peróxido de hidrogênio, o que contribui para a deterioração de organelas subcelulares e necrose celular. Em Candida albicans, inibe a transformação de blastóporos em forma micelial invasiva.