Os efeitos indesejáveis são transitórios, na dose recomendada. Os efeitos mais freqüentemente relatados são cefaléia e com doses de 5 mg, constipação. Menos freqüentemente, observa-se tontura, fadiga, e distúrbios gastrintestinais, como dor abdominal e diarréia. Como ocorre com outros antagonistas dos receptores 5-HT3, raramente observa-se reações de hipersensibilidade (reações do tipo I), com um ou mais dos seguintes sintomas: rubor facial e/ou urticária generalizada, rigidez torácica, dispnéia, broncoespasmo agudo, hipotensão. Em casos muito raros, foram relatados: síncope, colapso ou parada cardiovascular, mas não foi estabelecida relação com NAVOBAN. Alguns podem ter sido causados pela quimioterapia simultânea ou pela doença subjacente.