Nas doses indicadas o produto não apresenta efeitos colaterais. Ocasionalmente, podem aparecer dores de cabeça e obstipação leve. Este último efeito é quase sempre benéfico, pois contrabalança a diarréia induzida por drogas citotóxicas. Podem, também, ocorrer sensação de calor ou rubor na cabeça e no epigástrio; aumento assintomático nas aminotransferases. Há relatos de hipersensibilidade imediata à ondansetrona.