Até o momento não foram descritas intoxicações com o uso do clodronato; entretanto, podem ocorrer náuseas e vômitos no caso de superdosagem aguda. A terapia consiste em tratamento sintomático. Através da ingestão de uma grande quantidade de clodronato dissódico pode desenvolver-se hipocalcemia, como conseqüência do efeito depletor de cálcio. A terapia para estes casos consiste no tratamento da hipocalcemia, por exemplo, através da administração de alimentos ricos em cálcio (leite) ou, em casos graves, de cálcio por via intravenosa.