Durante o tratamento com a ipriflavona podem ocasionalmente manifestar-se: reações de hipersensibilidade (erupção cutânea e prurido); distúrbios gastrointestinais (náusea, vômito, gastralgia e diarreia); vertigens ou tonturas. Eventualmente podem ser observadas reduções de eritrócitos e leucócitos, aumento das transaminases (TGO e TGP) e da bulirrubinemia, aumento dos níveis de nitrogênio sanguíneo.