A terapia com cloranfenicol deve ser limitada àquelas infecções para as quais o benefício do medicamento excede o risco das toxicidades potenciais. Quando há outras substâncias antimicrobianas disponíveis, que sejam igualmente eficazes porém menostóxicas, estas devem ser utilizadas. Deve-se evitar a administração concomitante de cloranfenicol com outras drogas capazes de deprimir a função da medula óssea. O uso de antibióticos por tempo prolongado pode facilitar a proliferação de microorganismos não sensíveis, incluindo fungos. Se aparecer uma nova infecção durante o tratamento, a medicação deve ser suspensa e deve-se tomar as medidas adequadas. Em casos de infecções graves, o uso tópico de cloranfenicol deve ser suplementado com medicação sistêmica adequada. Raros casos de hipoplasia medular, inclusive anemia aplástica, foram relatados após o uso tópico de cloranfenicol.
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