Pantozol® não deve ser usado em casos de hipersensibilidade conhecida aos componentes da fórmula, ou a benzimidazóis substituídos.
Assim como outros IBPs, Pantozol® não deve ser coadministrado com atazanavir (ver Interações medicamentosas).
Em terapia combinada para erradicação do Helicobacter pylori, Pantozol® 40 mg não deve ser administrado a pacientes com disfunção hepática ou renal moderada a grave, uma vez que não existe experiência clínica sobre a eficácia e a segurança da terapia combinada nesses pacientes.
Este medicamento é contraindicado para menores de 12 anos