O produto é contra-indicado nos casos de distúrbios tromboembólicos, aborto retido, insuficiência hepática, tumores mamários, sangramentos do trato urinário, útero ou genital não diagnosticados (medroxiprogesterona pode dificultar o diagnóstico dos mesmos), hipercalcemia em pacientes portadores de metástases ósseas, gravidez e comprovada sensibilidade ao medicamento. Medroxiprogesterona atravessa a barreira placentária. Progesan não deve ser utilizado durante a amamentação, pois medroxiprogesterona é excretada no leite materno.