Prymox é contra-indicado nos casos de pacientes sensíveis a qualquer um dos componentes da formulação (vide COMPOSIÇÃO). Não é indicada no caso de colágenos e outras doenças auto-imunes, uma vez que a Echinacea purpurea causa um estímulo generalizado das funções do sistema imunológico, não sendo recomendável sua administração a pacientes com tais doenças, pois pode agravar estas condições.