QIFTRIM é contra-indicado nos casos de graves lesões hepáticas ou renais, discrasias sangüíneas acentuadas e pacientes com sensibilização alérgica às sulfas. Da mesma forma, QIFTRIM está contra-indicado a pacientes portadores de deficiência da G6PD (desidrogenase de glicose-6-fostato), devido à possibilidade de causar hemólise. QIFTRIM não deve ser administrado nos três primeiros meses de gravidez e em lactentes durante as primeiras semanas. Não deve ser administrado a prematuros e recém-nascidos durante as 8 primeiras semanas de vida.