A amoxicilina é uma penicilina e não deve ser administrada a pacientes hipersensíveis à penicilina, nos casos de infecções por Staphylococcus penicilino-resistentes e nas produzidas por bacilo piociânico, ricketsias e vírus.
Deve-se dedicar atenção à possível sensibilidade cruzada com outros antibióticos beta-lactâmicos, como por exemplo, as cefalosporinas.