As reações adversas mais comuns são diarréia, náuseas e vômitos. Também podem ocorrer lesões cutâneas urticariformes ou maculopapulares; surgem, em geral, após cerca de uma semana de uso da amoxicilina. Reações alérgicas podem ocorrer, principalmente em pessoas sensibilizadas às penicilinas e/ou naquelas com asma, eczema ou febre do feno. Colite pseudomembranosa tem sido relatada em poucos casos. Também pode ocorrer febre, porém mais raramente. Já foram descritos alguns casos de leucopenia. Como com as demais penicilinas, pode ocorrer nefrite intersticial, porém com baixa freqüência. Foram relatados alguns raros casos de convulsões em pacientes com níveis séricos muito elevados. Raramente pode ocorrer dor e escurecimento da língua. Podem ser verificadas superinfecções por germes resistentes quando a amoxicilina for utilizada por longo tempo.