É pouco provável que, em caso de superdosagem de amoxicilina, ocorram problemas. Se observados, efeitos gastrintestinais como náusea, vômito e diarreia podem ter relação evidente com o medicamento e devem ser tratados sintomaticamente, com atenção ao equilíbrio hidroeletrolítico.
Foi observada a possibilidade de cristalúria causada por amoxicilina, doença que em alguns casos pode levar à insuficiência renal. A amoxicilina pode ser removida da circulação por hemodiálise.