As reações adversas mais comuns associadas ao uso de fluconazol são aquelas relacionadas ao trato gastrointestinal que incluem náuseas, dor abdominal, diarréia e flatulência. Após os sintomas gastrointestinais, o efeito colateral mais observado é a erupção cutânea. Dor-de-cabeça também tem sido associada ao uso com fluconazol. Alterações nos resultados dos testes de funções hematológica e renal e anormalidades hepáticas foram observadas em alguns pacientes, especialmente naqueles que apresentam enfermidades graves como AIDS e câncer (vide Precauções e Advertências). Entretanto, durante o tratamento com fluconazol e agentes comparativos, o significado clínico e a relação com o tratamento não foram ainda estabelecidos. Distúrbios esfoliativos da pele (Síndrome de Stevens-Johnson e necrólise epidérmica tóxica), convulsões, leucopenia, trombocitopenia e alopecia têm ocorrido em condições em que uma associação causal não foi ainda estabelecida. A anafilaxia foi raramente observada em pacientes que receberam fluconazol, assim como outros azólicos.