A aceleração do esvaziamento gástrico proporcionada por CISAPAN pode influenciar a velocidade de absorção de outros medicamentos: fármacos de absorção gástrica podem ser menos absorvidos, enquanto que fármacos de absorção intestinal podem ter sua velocidade de absorção aumentada. (por exemplo: benzodiazepínicos, anticoagulantes, paracetamol, bloqueadores H 2). Em pacientes recebendo anticoagulantes, o tempo de coagulação pode se mostrar aumentado; recomenda-se controlá-lo por uma semana após o inicio do tratamento ou uma semana depois da interrupção do uso de CISAPAN. Pode haver potencialização dos efeitos sedativos de benzodiazepínicos e do álcool. Os efeitos procinéticos do CISAPAN são, em grande parte, antagonizados por drogas anticolinérgicas. Nas insuficiências hepática e renal, é recomendada a redução da dose pela metade. Subseqüentemente, essa pode ser adaptada, dependendo dos efeitos terapêuticos ou dos possíveis efeitos colaterais. No idoso, os níveis plasmáticos em situação de equilíbrio são geralmente mais elevados, devido a um prolongamento moderado na velocidade de eliminação da droga. No entanto, as doses terapêuticas são as mesmas que em pacientes mais jovens. No caso de drogas que requeiram monitorização individual, recomenda-se determinar seus níveis plasmáticos, caso estejam sendo associados ao tratamento com CISAPAN.