De maneira geral, o Eufilin AP é de boa tolerabilidade. A administração oral em altas doses por tempo prolongado pode causar distúrbios gastrintestinais. Em casos de alta sensibilidade individual, podem ocorrer para-efeitos por parte do aparelho gastrintestinal (náusea, vômito, gastralgia, hematêmese, diarréia, reativação de úlcera péptica), fenômenos cardiovasculares (palpitações, taquicardia, extrasístoles, dor precordial, arritmia, hipotensão, rubor facial) ou por parte do SNC (inquietação, insônia, excitação, espasmos, tontura, cefaléia, taquipnéia), bem como tremedeiras, urticária e erupções cutâneas. Estes efeitos colaterais podem ocorrer devido a uma relativa superdosagem (uma reação mais forte em relação à substância ativa) ou superdosagem absoluta (concentração plasmática de teofilina acima de 20 mg/l). Caso hajam níveis plasmáticos de teofilina acima de 20 mg/l, podem ocorrer efeitos colaterais tóxicos, como convulsões, arritmias ventriculares e distúrbios gastrintestinais graves.