O citalopram é contraindicado em pacientes que apresentam hipersensibilidade a qualquer um de seus componentes. O tratamento concomitante com IMAOs (inibidores da monoaminoxidase), incluindo selegilina (inibidor seletivo da MAO-B) em dose acima de 10 mg por dia, é contraindicado (vide Interações Medicamentosas).