O fluconazol geralmente é bem tolerado.
Em alguns pacientes, especialmente naqueles com doenças subjacentes sérias, como portadores do vírus HIV e câncer, foram observadas alterações na função renal e hematológica e anormalidades hepáticas (vide item 5. Advertências e Precauções) durante o tratamento com fluconazol e agentes comparativos, mas a significância clínica e a relação com o tratamento são incertas.
Os seguintes efeitos indesejáveis foram observados e relatados durante o tratamento com fluconazol com as seguintes frequências: muito comum (=> 1/10); comum (=> 1/100 a <1/10); incomum (=> 1/1.000 a <1/100); rara (=> 1/10.000 a <1/1.000); muito rara (<1/10.000); desconhecida (não pode ser estimada a partir dos dados disponíveis).
| Classe de sistema e órgão | Frequência | Reações Adversas | |
| Distúrbios do sangue e sistemalinfático | rara | agranulocitose leucopenia, neutropenia, trombocitopenia | |
| Distúrbios do sistema imunológico | rara | anafixilia, angiodema | |
| Distúrbios metabólicos enutricionais | rara | hipertrigliceridemia, hipercolesterolemia, hipocalemia | |
| Distúrbios psiquiátricos | incomum | insônia, sonolência | |
| Distúrbios do sistema nervoso | comum | cefaleia | |
| incomum | convulsões tontura, parestesia, alteração do sabor | ||
| rara | tremores | ||
| Distúrbios auditivos e do labirinto | incomum | vertigem | |
| Distúrbios cardíacos | rara | torsade de pointes, prolongamento QT | |
| Distúrbios gastrintestinais | comum | dor abdominal, diarreia, náuseas, vômitos | |
| incomum | dispepsia, flatulência, boca seca | ||
| Distúrbios hepatobiliares | comum | aumento da alanina aminotransferase, aumento daaspartato aminotransferase, aumento da fosfatase alcalinasanguínea | |
| incomum | colestase, icterícia, aumento da bilirrubina | ||
| rara | toxicidade hepática, incluindo casos raros de fatalidades,insuficiência hepática, necrose hepatocelular, hepatite,danos hepatocelulares | ||
| Distúrbios da pele e tecidosubcutâneo | comum | rash cutâneo | |
| incomum | prurido, urticária, aumento da sudorese, erupçãomedicamentosa | ||
| rara | necrólise epidérmica tóxica, síndrome de Stevens-Johnson, pustulose exantematosa generalizada aguda,dermatite esfoliativa, edema facial, alopecia | ||
| Distúrbios musculoesqueléticos, dotecido conjuntivo e dos ossos | incomum | mialgia | |
| Distúrbios gerais e condições nolocal de administração | incomum | fadiga, mal-estar, astenia, febre |