A administração sistêmica do aciclovir em testes padronizados internacionalmente aceitos não produziu efeitos embriotóxicos ou teratogênicos em coelhos, ratos e camundongos. Em testes não padronizados em ratos, observaram-se anormalidades fetais apenas após doses subcutâneas tão altas que produziram toxicidade materna. A relevância clínica dessas descobertas é incerta.
A experiência em humanos não demonstra um aumento do número de defeitos congênitos entre pacientes tratados com creme contendo como componente ativo a substância aciclovir e a população em geral. Tais defeitos não apresentam um modelo consistente que aponte como causa o uso desse produto. A exposição sistêmica ao aciclovir através da aplicação tópica do produto é muito baixa. Dados limitados em humanos mostram que a droga passa para o leite materno após administração sistêmica. Entretanto, a dosagem recebida pelo bebê através da amamentação é considerada insignificante.