A ciclofosfamida está contra-indicada em casos de hipersensibilidade à droga e em pacientes com severa depressão funcional da medula óssea. A terapia com ciclofosfamida só deve ser iniciada quatro a oito dias após cirurgia. O uso de ciclofosfamida é contra-indicado durante a gravidez e lactação. Também não deve ser utilizado em casos de varicela e Herpes zoster.