Barbituratos: A velocidade do metabolismo e a atividade leucopênica da ciclofosfamida são comprovadamente aumentadas pela administração crônica de altas doses de fenobarbital. Alopurinol: Ocorre aumento da incidência de depressão da medula óssea. Agentes antidiabéticos: Na administração conjunta de agentes antidiabéticos e ciclofosfamida ocorre potencialização do efeito hipoglicêmico. Suxametônio: Pode ocorrer prolongamento da apnéia. Anticoagulantes: Pode intensificar a atividade da ciclofosfamida. Lovastatina: Pode aumentar o risco de rabdomiólise e insuficiência renal aguda em pacientes que sofreram transplante cardíaco. Digoxina: Diminui os níveis plasmáticos da ciclofosfamida. Citarabina: Em doses elevadas acarreta aumento em cardiomiopatia com morte subseqüente. Cloranfenicol: Pode diminuir a biotransformação hepática a metabólitos ativos. Imunossupressores: Podem aumentar o risco de infecção e o desenvolvimento de neoplasia.