Superdosagem aguda causa náuseas, vômitos e prostração, depressão de células brancas do sangue, alopecia e ocasionalmente cistite. Devido à imunossupressão, podem ocorrer infecções secundárias. A trombocitopenia pode levar a uma predisposição para hemorragias. Não há um antídoto específico para uma superdosagem de ciclofosfamida. Deve-se tomar medidas para evacuar o material não absorvido do trato gastrointestinal. Devese prestar atenção à prevenção de infecções durante qualquer período de função deprimida da medula óssea. O tratamento de náuseas e vômitos é sintomático. A alopecia deve reverter após um período de tempo.