O cloridrato de ciprofloxacino não deve ser usado em casos de hipersensibilidade aos derivados quinolônicos. Exceto em casos de exacerbação da fibrose cística associada ao Pseudomonas aeruginosa, o ciprofloxacino é contraindicado a crianças e adolescentes em fase de crescimento (entre 5 e 17 anos de idade), salvo quando os benefícios do tratamento puderem superar os riscos.