BATROX está contra-indicado nos casos de lesões graves do parênquima hepático e em pacientes com insuficiência renal grave, quando não se pode determinar regularmente a concentração plasmática. Da mesma forma, BATROX-está contra-indicado aos pacientes com história de hipersensibilidade à sulfonamida ou à trimetoprima. Não deve ser administrado a prematuros e recém-nascidos durante as primeiras 6 semanas de vida.