O cloreto de benzalcônio é incompatível com sabões e outros surfactantes aniônicos, citratos, iodatos, nitratos, permanganatos, salicilatos, sais de prata e tartaratos. Foram observadas outras incompatibilidades com algumas misturas comerciais de borracha, plástico, e outras substâncias como alumínio, roupas de algodão, peróxido de hidrogênio, lanolina e algumas sulfonamidas.