Não foram relatadas interações medicamentosas entre o alprostadil para injeção e as terapias padrão utilizada em neonatologia em neonatos com fluxo sangüíneo restrito pulmonar ou sistêmico. A terapia padrão inclui antibióticos, como penicilina e gentamicina; vasopressores, como dopamina e isoproterenol; glicosídeos cardioativos e diuréticos como furosemida.