Em geral, as reações adversas são leves e transitórias, não requerendo a suspensão do medicamento. Somente cerca de 4% de pacientes recebendo alendronato sódico tiveram que interromper o tratam. em função dos efeitos colaterais. As reações adversas mais freqüentes foram as gastrintestinais, principalmente dores abdominais, disfagia, náuseas, constipação, diarréia, flatulência, úlcera esofagiana e também dores musculoesqueléticas e cefaléias.