As reações adversas mais frequentemente comunicadas são: disfonia (5-50%), com corticoides em geral; infecção respiratória (19-24%); cefaleia (13-14%), sinusopatia (2-11%) e faringite (5-10%). Também podem ocorrer: candidíase oral (4%), dispepsia (1-4%), dor abdominal, vômitos, boca seca, aumento de peso e insônia (1-3%); e ainda dermatite de contato (0,75- 4%).
Como medicamento inalatório, pode ocorrer broncoespasmo imediato. Ainda há possibilidade de osteoporose.
Doses de até 800 mcg/dia não estão associadas à supressão da adrenal.
Um pequeno estudo referiu que os corticoides inalatórios têm efeito supressor similar às baixas doses de prednisona sobre neutrófilos e linfócitos periféricos.
Resultados de ensaios científicos sugeriram uma associação entre os corticoides inalatórios e a catarata, mas são necessários estudos maiores, prospectivos e controlados para a confirmação dessa afirmação. Não foi associado o uso de doses baixas ou moderadas de corticoide intranasal ou inalatório com o aumento da pressão intraocular ou glaucoma.