CALSAN é contraindicado em pacientes com hipersensibilidade aos componentes de sua formulação; também é contraindicado em casos de hipercalcemia (como no hiperparatireoidismo, após ingestão prévia de doses excessivas de vitamina D ou em casos de tumores descalcificantes, como mielomas, plasmocitomas e metástases ósseas); em casos de hipercalciúria grave; na insuficiência renal grave.
Este medicamento é contraindicado para menores de 12 anos.