A administração oral de sulfato de glicosamina pode favorecer a absorção gastrointestinal de tetraciclinas e reduzir a de penicilinas e cloranfenicol. Não existe limitação para administração simultânea de analgésicos ou anti-inflamatórios esteroides e não esteroides.
Não foram realizados estudos específicos de interações medicamentosas; entretanto, as propriedades físico-químicas e farmacocinéticas do sulfato de glicosamina não indicam potencial para tais interações. Além disso, o sulfato de glicosamina não foi encontrado para inibir nem para induzir qualquer enzima do CYP450. O composto não compete pelos mecanismos de absorção e, após absorção, não se liga a proteínas plasmáticas. É pouco provável que seu metabólito, sendo uma substância endógena incorporada em proteoglicanos ou degradada independentemente do sistema citocromo, leve a interações medicamentosas.
No entanto, tem sido reportado um aumento no efeito anticoagulante cumarínico durante o tratamento concomitante com sulfato de glicosamina.