A dobutamina está contraindicada em casos de estenose subaórtica hipertrófica idiopática (a obstrução pode aumentar), feocromocitoma (pode ocorrer hipertensão grave), taquiarritmias ou fibrilação ventricular (pode ocorrer exacerbação da arritmia) e em pacientes com hipersensibilidade à dobutamina.
Também não deve ser utilizada em pacientes com cardiomiopatia hipertrófica obstrutiva.