Isoflurano potencializa os efeitos de relaxantes musculares comumente utilizados, mais notadamente dos relaxantes musculares não-despolarizantes. A neostigmina reverte os efeitos dos relaxantes musculares não-despolarizantes mas não apresenta qualquer efeito sobre as propriedades relaxantes do isoflurano. Todos os relaxantes musculares habitualmente utilizados são compatíveis com o uso de isoflurano.