Fortovase (Saquinavir) é contra-indicado em pacientes com hipersensibilidade ao saquinavir ou a quaisquer dos componentes contidos na cápsula. Fortovase (Saquinavir) não deve ser administrado com a terfenadina, com o astemizol e a cisaprida (vide Interações medicamentosas). Fortovase (Saquinavir) é contra-indicado em pacientes com disfunção hepática severa.