O uso concomitante com diuréticos tiazídicos, inibidores da anidrase carbônica, antiácidos ou agentes alcalinizantes urinários, pode prejudicar a acidificação da urina, impedindo a hidrólise da metenamina em formaldeído. O formaldeído liberado juntamente com a sulfonamida, forma um precipitado insolúvel na urina ácida, aumentando o risco de cristalúria. As sulfas têm sua ação diminuída em urina acidificada; portanto, devem ser evitadas medidas para a acidificação urinária, caso sejam prescritos antibacterianos desta classe (obs.: muito embora a metenamina requeira meio ácido para ser hidrolisada, nem esta substância nem o formaldeído propriamente ditos exibem propriedades acidificantes). Não há relato de interação medicamentosa dos componentes do Sepurin® com os seguintes antibióticos, comumente utilizados em infecções do trato urinário: ciprofloxacin, amoxicilina e cefalexina.