As reações adversas de maior importância (muito menos comuns que as de menor importância) incluem a inibição da mielopoiese (agranulocitose, granulocitopenia e trombocitopenia), anemia aplástica, febre medicamentosa, síndrome semelhante ao lúpus, síndrome insulino-auto-imune (que pode resultar em coma hipoglicêmico), hepatite (icterícia pode persistir por várias semanas após a interrupção da droga), periartrite e hipoprotrombinemia. Nefrite é muito rara.
Reações adversas de menor importância incluem erupção cutânea, urticária, náusea, vômito, dor epigástrica, artralgia, parestesia, perda do paladar, perda anormal do cabelo, mialgia, dor de cabeça, prurido, sonolência, neurite, edema, vertigem, pigmentação da pele, icterícia, sialadenopatia e linfadenopatia.
Deve ser notado que cerca de 10% dos pacientes com hipertiroidismo não tratados apresentam leucopenia (contagem de leucócitos de menos de 4000/mm3), freqüentemente com granulocitopenia relativa.