A amitriptilina é contra-indicada em pacientes com hipersensibilidade à droga ou aos componentes da fórmula. Não deve ser ministrada simultaneamente com inibidores da MAO. Crises hiperpiréticas, convulsões graves e mesmo óbito têm ocorrido com pacientes recebendo antidepressivos tricíclicos e inibidores da MAO simultaneamente.
Quando se deseja substituir um inibidor da MAO com a amitriptilina, deve-se esperar pelo menos 14 dias antes da descontinuação do IMAO. A administração de amitriptilina deve então ser iniciada com aumento gradativo das doses até se atingir a resposta ótima.
Não se recomenda a utilização da droga durante a recuperação da fase aguda do infarto do miocárdio e glaucoma de ângulo estreito.