Nas doses recomendadas, a coenzima Q-10 é praticamente destituída de efeitos colaterais. As reações adversas observadas foram: desconforto epigástrico (0,39%), anorexia (0,23%), náuseas (0,16%) e diarréia (0,12%). Elevações assintomáticas da desidrogenase láctica foram observadas em pacientes medicados com 300 mg diários, assim como moderadas elevações subclínicas da TGO.