Em geral, o molgramostim é bem tolerado. As reações adversas são de leves a moderadas. Somente foram observadas reações graves ou potencialmente fatais com doses muito superiores às doses recomendadas. Muitos dos efeitos adversos relatados não podem ser diferenciados daqueles causados pela própria doença ou tratamentos concomitantes. Entre os efeitos colaterais, o mais citado é a febre, que desaparece com a administração de paracetamol. Também, relatam-se casos de erupções cutâneas. Outras reações observadas com menor freqüência são: náuseas, edema , hipotensão, dor no peito, dor óssea e diarréia.