O fluconazol é contraindicado em pacientes com conhecida sensibilidade à droga, a qualquer componente do produto ou a compostos azólicos. A co-administração com terfenadina é contraindicada em pacientes recebendo doses múltiplas de fluconazol de 400 mg (por dia) ou mais, baseada em um estudo de interação com doses múltiplas. A co-administração de cisaprida é contraindicada para pacientes recebendo fluconazol (vide Interações Medicamentosas).